潔凈廠房設計可分為土建結構和裝配式兩種，其中普遍采用裝配式。。無論采用那一種形式，潔凈室的裝飾裝修大部分均由專業潔凈工程公司承建，而不是由土建施工單位承建。

裝配式潔凈廠房系統主要由初，中，高三級空氣過濾的空調送風回風和 排風系統；動力及照明系統；工作環境參數的監測報警消防和通訊系統；人流和物流系統；工藝管路系統；維護結構及靜電地面處理等各方面所要求的實施內容組成，形成空調凈化系統工程所包含的整個設備和器材的配套和建筑安裝內容。

由于潔凈室的裝飾裝修工程屬于具有特殊要求的裝飾裝修，技術復雜、施工難度大，為確保施工質量，從材料選擇開始必須認真執行“規范”的規定。

潔凈廠房施工需要注意事項：

1、應符合原設計單位的施工圖設計的要求，以便實現對設計意圖的體現：應采用不霉變、防水、可清洗易清潔和不揮發分子污染物的材料，這里所說的分子污染物主要是酸、堿、生物毒素、可凝結物、腐蝕物、摻雜物、有機物、氧化劑等，按物質劃分有數十種，如氨、鹽酸、氟化氫、硫化氫、異丙醇、臭氧、二氧化硫、氧化氮、二甲苯……等，這些污染物除了來自室外空氣外，還來自建筑材料、廠房內的設備和工器具、人員等污染源。

2、為避免潔凈室(區)裝飾裝修后被污損和確保施工過程的潔凈管理，潔凈廠房裝飾裝修工程施工前廠房的主體結構和屋面應完成并驗收合格，其中“廠房的主體結構”，除了包括潔凈廠房的結構工程外，還應包括廠房的外圍護結構，包含外墻及其門窗等。

3、由于潔凈廠房的裝飾裝修的潔凈要求，為確保工程施工質量，“規范”對其施工條件、施工現場管理等作了較為嚴格的通用性規定，具體工程施工時都應認真地遵守這些規定，作好潔凈廠房裝飾裝修工程的施工現場的清潔管理、人員管理，確保施工過程的有序、清潔。

4、為確保涂裝工程的質量，在進行涂裝前應認真檢查確認基層狀況，如基層養護是否達到設計要求，表面平整度、垂直度以及表面狀況是否異常等，若不能達到要求都將影響涂裝層質量。

5、為確保涂裝質量“規范”對涂裝環境、條件作出了規定，推薦不能在陰天施工，并且環境溫度應控制在10-35℃范圍。涂裝工程與門窗等之間銜接處的施工質量，將對潔凈室(區)的潔凈度等級和氣密性帶來影響，所以規定所有銜接處的接縫間隙不得大于0.5 mm，并且應按按設計要求進行密封處理。